股东大会是公司的权力机构。

公司设董事会，对股东大会负责，并行使股东大会授予的权力。董事会设执行委员会，作为董事会日常决策、管理、执行机构。 

中金所内设部门21个，分别为：党委办公室（董事会办公室）、监事会办公室、纪检监察室、办公室、交易部、结算部、监查部、法律部、信息技术部、市场部、研发部、财务部、内审部、人力资源部（党委组织部）、投资者教育中心、国际发展部、股指事业部、债券事业部、外汇事业部、期权事业部和行政中心。

中金所下属公司3家，分别为：上海金融期货信息技术有限公司、北京金融衍生品研究院有限责任公司、上海唐银投资发展有限公司。